С 2016 года ежегодно вручается специальная премия по качеству и безопасности медицинской деятельности. В этом году были внесены и утверждены изменения в Положение о конкурсе на соискание Премии «За качество и безопасность медицинской деятельности». Программным комитетом Конференции были рассмотрены итоговые результаты деятельности органов управления здравоохранением субъектов Российской Федерации по 37 критериям, отражающим различные направления медицинской деятельности за 2016 год, а также медицинских организаций Российской Федерации по 11 критериям, отражающих усреднённый балл совокупной экспертной оценки. Полученные результаты оценки критериев были утверждены решением Программного комитета Конференции и согласованы с Руководителем Федеральной службы по надзору в сфере здравоохранения М.А. Мурашко. 

Органы управления здравоохранением субъектов Российской Федерации, ставшие лауреатами и дипломантами Премии «За качество и безопасность медицинской деятельности», получили Дипломы и почётный Знак, а также право на использование логотипа Премии.
 
Победителями Премии были утверждены:

• Лауреат Премии 1-й степени – Министерство здравоохранения Краснодарского края.
• Лауреат Премии 2-й степени – Министерство здравоохранения Пензенской области, Департамент здравоохранения Воронежской области.
• Победитель номинации «Снижение смертности от злокачественных новообразований» – Министерство здравоохранения Нижегородской   области.
• Победитель номинации «Снижение смертности от заболеваний сердечно-сосудистой системы» – Министерство здравоохранения Рязанской области.
• Победитель номинации «Достижения по снижению младенческой смертности» – Департамент здравоохранения Тюменской области.
• Победитель номинации «Организация льготного лекарственного обеспечения» – Министерство здравоохранения Омской области.
• Победитель номинации «Охват беременных комплексной пренатальной диагностикой» – Министерство здравоохранения Сахалинской области.
• Победитель номинации «Охват диспансеризацией определённых групп взрослого населения» – Департамент охраны здоровья населения Кемеровской области.
• Победитель номинации «За устойчивый рост показателей работы органов управления здравоохранением субъектов Российской Федерации в обеспечении качества и безопасности медицинской деятельности» – Министерство здравоохранения Республики Ингушетия.

Победитель номинации «Медицинская организация – лидер в обеспечении качества и безопасности медицинской деятельности»

• ГАУЗ «Республиканская клиническая больница им. Н.А. Семашко» Министерства здравоохранения Республики Бурятия 
• ГАУЗ «Детская республиканская клиническая больница» Министерства здравоохранения Республики Татарстан.

Победители внесены в Реестр победителей Премии